L’escadrille de transport 44 Mistral est issue de la section régionale de liaisons aériennes de la 4ème région aérienne, qui fut créée en 1944 à Marignane avant de rejoindre Aix-les-Milles. En juillet 1947, elle devint escadrille de liaisons aériennes (ELA) 44, et fut baptisée Mistral en décembre 1969.
A compter de 1978, l’unité fut escadron de transport 44 Mistral, avant de devenir escadron de transport et d’entraînement (ETE 44) à compter de 1983. L’ETE 44 Mistral fut ensuite stationné sur la base de Salon-de-Provence avant d’y être dissous le 1er août 2005.
L’ELA 44 Mistral est depuis le 1er mai 2015 escadrille d’instruction et d’entraînement (EIE) au sein de l’escadron de transport 43 Médoc de Bordeaux-Mérignac.
De 1972 à 2000, le Mistral fut équipé de Nord 262D Frégate.
Le Xingu équipa l’ELA 44 à la fin des années 80.
Depuis 1965 (?) à 1987, le Mistral vola sur MH.1521 Broussard.
De 1967 à 1984, l’ELA 44 fut équipé de MS.760 Paris, qui furent d’abord stationnés sur la base de Salon-de-Provence (jusqu’en 1973).
A partir de 1964 jusqu’en 1972, l’ELA 44 vola sur Beech 18.
De 1947 à 1969, l’escadrille de liaisons aériennes 44 vola notamment sur Morane 500, SIPA, Nord 1000, Dakota.